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Linkedomics 火山图

Nettet7. feb. 2024 · 今天，小编给大家带来一个TCGA数据库的第三方online tools，叫做“LinkedOmics”，帮助大家更加方便的使用TCGA数据库。 （http://www.linkedomics.org/login.php） 1. 这个网站需要大家先去注册，但是注册非常的便捷，使用自己的邮箱即可。 2. 直接选择所要研究的癌症类型（共有38种癌症），这 … Nettet20. mar. 2024 · a linkedomics project: tcga-acc tcga-blca tcga-brca tcga-cesc tcga-chol tcga-coadread tcga-dlbc tcga-esca tcga-gbm tcga-gbmlgg tcga-hnsc tcga-kich tcga-kipan tcga-kirc tcga-kirp tcga-laml tcga-lgg tcga-lihc tcga-luad tcga-lusc tcga-meso tcga-ov tcga-paad tcga-pcpg tcga-prad tcga-sarc tcga-skcm tcga-stad tcga-stes tcga-tgct tcga-thca …

4分+基因家族在泛癌中的研究套路 - 知乎 - 知乎专栏

http://linkedomics.org/login.php Nettet28. jan. 2024 · LinkedOmics is publicly available portal that includes multi-omics data from all 32 TCGA Cancer types. It also includes mass spectrometry-based proteomics data generated by the Clinical Proteomics Tumor Analysis Consortium (CPTAC) for TCGA breast, colorectal and ovarian tumors. philadelphia enumeration districts https://stork-net.com

Expression profiles and prognostic significance of AFTPH in ... - PubMed

Nettet9. nov. 2024 · The LinkedOmics database is an open-access portal containing multi-omics data across different cancer types and features three analysis modules: LinkFinder, LinkInterpreter, and LinkCompare... NettetAftiphilin (AFTPH) plays an important role in regulating intracellular trafficking, exocytosis, and the pro-inflammatory response. However, the potential prognostic role of AFTPH in cancers remains unclear. Here, we examined the expression profiles and prognostic significance of AFTPH in breast inva … Nettet30. nov. 2024 · LinkedOmics数据库包32种癌症类型的多组学数据和临床数据，以及TCGA项目共11158名患者的数据。 它也是一个多组学数据库，集成了针对选定的TCGA肿瘤样本的质谱（MS）的蛋白质组学数据。 首先直接选择所要研究的癌症类型，然后选择你需要的数据类型，即研究的目标，如miRNA数据、mRNA数据、甲基化数据、突变位点 … philadelphia engine 5

LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 …

Category:多种方法在火山图上标记感兴趣基因（差异基因，或者通路） - 腾 …

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Linkedomics 火山图

linkedomics - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

Nettet2. mar. 2024 · Linkedomics 属性（Attribute）是指待探索的基因、microRNA等；待查数据集（Search Dataset）指待筛选数据集的属性，包括RNA-seq、甲基化、突变和miRNA等；靶数据集（Target Dataset）指作为参照或总体的数据集；肿瘤队列（Cancer cohort）指研究的肿瘤类型。 Nettet五 功能富集分析 作者借助 LinkedOmics 在线工具进行了差异分析，并绘制了火山图和热图，接着借助Function模块分别进行了BP，MF，CC，KEGG富集分析。 ? ? 六 靶标网络构建 首先采用 LinkedOmics 工具进行激酶，miRNA和转录因子的寻找，每个各找了前5个，如下： ? 接着作者借助GeneMANIA工具绘制了PPI网络。 ? 文章所用到的工具总结 …

Linkedomics 火山图

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Nettet作者：IITSOAN 免费公开课-linkedomics挖掘TCGA数据神器教程，生信数据挖掘, 视频播放量 2280、弹幕量 0、点赞数 11、投硬币枚数 4、收藏人数 53、转发人数 8, 视频作者 医科研, 作者简介 微信公众号：“医科研”。 同名知识星球: “医科研”，相关视频：免费公开课-UALCAN在线工具挖掘TCGA数据库，免费公开 ...

Nettet1. mar. 2024 · The co-expressed genes LTB4R were screened from Linkedomics and subjected to functional enrichment analysis. A protein-protein interaction network was constructed using STRING. GSEA analyses of the differentially expressed genes ... >2，P < 0.05），火山图 ... Nettet火山图 是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）。 常应用于转录组研究，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。 所以关注火山图（其它类型图也是），先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它 …

Nettet9. nov. 2024 · LinkedOmics contains multi-omics data for primary tumors from 32 TCGA cancer types and a total of 11 158 patients ( Supplementary Table S1, Figure 1A ), including mutation, copy number alteration (CNA), methylation, mRNA expression, miRNA expression and reverse phase protein array (RPPA) data at the gene level, mutation … Nettet3. feb. 2024 · 使用LinkedOmics功能模块分析TCGA数据库中黑素瘤患者的hTERT共表达基因数据。 火山图（封三图2）显示，1402个基因（暗红点）与hTERT mRNA呈显著正相关，1518个基因（暗绿点）与hTERT mRNA呈显著负相关（P<0.05）。 50个重要的基因与hTERT mRNA呈正相关，50个与hTERT mRNA呈负相关。 见封三图3。 这个结果表 …

Nettet4. apr. 2024 · 相关性的火山图 相关性分析热图 左边是与LDHA正相关基因的热图，右边是与LDHA负相关基因的热图。 点击LinkInterpreter可以做富集分析或者GSEA分析。 我们来选择GSEA分析演示一下 等待一段时间后，全部结果都出来了，并且所有的结果都可以下载。 GSEA结果的表格 GSEA结果的图 所有的结果都可以下载SVG格式，下载之后就可 …

Nettet17. jan. 2024 · LinkedOmics. TCGA航母级数据库使用教学. 发布于 2024-01-17 20:49 · 9976 次播放 philadelphia equalityNettet27. jun. 2024 · LinkedOmics integrates not only genomics data from the TCGA portal for 32 cancer types, but also proteomics data for available cancers from the CPTAC portal with clear description of the application, pipelines used, and methods used for normalization. 2 At the moment, LinkedOmics contains multi-omics data for primary … philadelphia erb\\u0027s palsy lawyer vimeoNettet30. nov. 2024 · LinkedOmics 数据库包 32 种癌症类型的多组学数据和临床数据，以及 TCGA 项目共 11158 名患者的数据。 它也是一个多组学数据库，集成了针对选定的 TCGA 肿瘤样本的质谱（ MS ）的蛋白质组学数据。 philadelphia enumeration districts 1950NettetR/linkedOmics.R defines the following functions: getLinkedOmicsData. batch.info: TCGA batch information from Biospecimen Metadata Browser bcgsc.ca_CHOL.IlluminaHiSeq_DNASeq.1.somatic.maf: TCGA CHOL MAF BRCA_rnaseqv2: BRCA_rnaseqv2 chol_maf: TCGA CHOL MAF transformed to … philadelphia erb\\u0027s palsy attorneyNettet18. jan. 2024 · 利用LinkedOmics和starBase v3.0 工具对 HOXC11 基因做一个预后价值分析。 然后选择结直肠癌和肾透明细胞癌在细胞水平上验证这个基因 HOXC11 促进细胞增殖。 很简单的实验，就是干扰一下这个基因，测了个CCK8和流式，干扰后细胞增殖变慢，其实可以再做一个过表达，促进增殖的实验的。 接下来就是探究HOXC11如何促进细胞 … philadelphia environmental health servicesNettet使用LinkedOmics对32例TCGA癌症中NTN家族的所有成员进行了全面的甲基化临床分析（图5d）。 NTN1、NTN3、NTN4、NTN5和NTNG1甲基化与放射治疗和LGG总生存率相关。 NTNG2甲基化与GBM的放射治疗有关。 图5 netrin家族基因在泛癌中的转录及表观遗传学分析 从ChIPBase v2.0下载了netrin家族成员和转录因子的共表达数据，这些转录因 … philadelphia environmental engineering firmsNettetGSEA的分析在LinkedOmics数据库中完成。 LinkInterpreter模块，进行对应的激酶靶蛋白的富集和转录因子靶蛋白的富集。 GENEMANIA数据库进行激酶靶富集和TF靶富集结果可视化。 结果显示，与STEAP2、STEAP3显著相关的基因的GO (Biological Process)分析显示，共表达基因的功能主要位于免疫调节和细胞周期转变方面，最重要的激酶靶基因 … philadelphia erin express 2022